El acné quístico aparece por el mismo mecanismo que el acné común. Es decir, las glándulas sebáceas de la piel se tapan y no pueden eliminar su contenido al exterior. La función de las glándulas sebáceas es lubricar la piel con producción de grasa y humedecerla.
Si los conductos de expulsión de la grasa al exterior de obstruyen, entonces se acumulan bacterias al interior de la glándula. Lo que determina la agresividad del acné quístico es la característica de las bacterias que anidan en los poros. En este caso, los microorganismos son los generadores de la inflamación.